阜阳工程科技学院下设机电工程系和信息技术系，现有机电一体化技术、数控技术、模具设计与制造、应用电子技术、机械制造与自动化、计算机应用技术、计算机网络技术、汽车检测与维修技术、汽车技术服务与营销、物联网应用技术等10个专业。数控专业是国家骨干校重点专业、安徽省特色专业；机电一体化专业是国家骨干校重点专业、省级教学改革试点专业；计算机专业是教育部教学改革试点专业；计算机网络技术专业是安徽省特色专业；物联网应用技术专业是国家大力发展的专业。
阜阳工程科技学院具有一支专兼结合，素质优良的双师型教学团队。专职教师中教授3人，副教授等具有高级职称的26人，硕士以上学位的40余人，技师6人，高级工30人。有省级教学名师1人，安徽省战略性新兴产业领军人才1人，国家级优秀教师1人，省级优秀教师4人，省级教坛新秀1人，市级专业技术拔尖人才1人，市级优秀教师8人。有省级专业带头人6人。10位教师出国或赴台进修学习， 所有专业教师均到相关高校、企业、职业教育师资培训中心参加过培训。